La relation antigène-anticorps.

La page fournit :

Des extraits des programmes officiels indiquant les parties pouvant être abordées à partir d'outils de visualisation de molécules tel que Protéine Explorer.
Des images illustrant ces textes réalisées avec Protéine Explorer.
Des images des fonctionnalités de Protéine Explorer ayant servis à obtenir l'aspect de la molécule présentés sur les images.
(Cette liste n'est pas exhaustive, elle n'indique que quelques fonctions de PE.)
Des liens qui lancent directement Protéine Explorer et télécharge automatiquement via Internet les molécules indiquées.
(Ceci ne fonctionne que si la configuration de votre machine est complète.)

Extrait du B.O. n°5 du 30 Août 2001 - Programme officiel de Terminale S - SVT

Immunologie

Activités envisageables.

Les processus immunitaires mis en jeu - Généralisation

Les anticorps : agents du maintien de l’intégrité du milieu extracellulaire :
La séropositivité pour le VIH correspond à la présence d’anticorps spécifiques contre certaines protéines du virus.
La synthèse d’anticorps est la signature d’une réaction de l’organisme à la présence d’éléments étrangers.
Les anticorps sont des effecteurs de l’immunité acquise.
Ils agissent dans le milieu extracellulaire (ou milieu intérieur) en se liant spécifiquement aux antigènes qui ont déclenché leur formation.
Les anticorps sont des immunoglobulines, protéines circulantes du milieu intérieur constituées d’une partie constante et d’une partie variable.
La spécificité des anticorps est due à la partie variable.
La liaison antigène – anticorps entraîne la formation de complexes immuns, favorisant l’intervention de mécanismes innés d’élimination de ces complexes.

Utilisation de banques de données permettant d’étudier les séquences d’acides aminés correspondant aux différentes parties des anticorps.

Utilisation de logiciels de modélisation moléculaire montrant les anticorps et la réaction antigène-anticorps.

Expériences montrant la formation d’un complexe antigène-anticorps : test d’Ouchterlony.

L'option AFFICHER contacts de l'EtudeRapide de Protéine Explorer permet de comparer les zones de contacts de l'antigène avec l'anticorps (en haut) et de l'anticorps avec l'antigène (en bas) et de constater ainsi la compléméntarité de ces deux zones de contacts qui correspondent respectivement au déterminant antigénique de l'antigène et au site de fixation de l'anticorps.
Les options offertes par l'aide de Protéine Explorer permettent d'affiner cette visualisation en rendant la surface de contact transparente, en y superposant le squelette des molécules (voir ci dessus à gauche)...
(L'image est une capture d'écran, aucun lien n'est donc actif sur celle ci.)

La molécule 1fdl.pdb est constituée de 3 chaînes (L, H et Y).
L est la chaîne légère de l'anticorps et H une partie de la chaîne lourde. Y est l'antigène.
Il s'agit ici d'un anticorps anti-lysozyme.

Pour obtenir l'image du déterminant antigénique (haut), utilisez les commandes suivantes :
CHOISIR chaîne Y
AFFICHER contact
atomes hors de la surface masquer

Pour obtenir l'image du site de fixation de l'anticorps (bas), utilisez les commandes suivantes :
CHOISIR chaîne H
puis dans les options de l'EtudeRapide,
choississez Sélection "+ est à ajoutée à", le signe + doit apparaître à coté de CHOISIR (voir ci contre), puis
CHOISIR chaîne L
(les deux chaînes sont alors sélectionnées ensemble)
AFFICHER contact
atomes hors de la surface masquer

Si votre machine est correctement configurée, pour étudier la famille multigénique, il suffit :

Soit d'entrer le code PDB de la molécule à comparer dans la case de la page d'entrée puis de cliquer sur le bouton Protéine explorer.		Soit de Cliquer sur le lien ci-dessous pour lancer Protéine comparator qui télécharge automatiquement la molécule indiquée.
1fdl : complexe anticorps-antigène		Charger le complexe anticorps-antigène(1fdl)