Le complexe enzyme -substrat

La page fournit :

Des extraits des programmes officiels indiquant les parties pouvant être abordées à partir d'outils de visualisation de molécules tel que Protéine Explorer.
Des images illustrant ces textes réalisées avec Protéine Explorer.
Des images des fonctionnalités de Protéine Explorer ayant servis à obtenir l'aspect de la molécule présentés sur les images.
(Cette liste n'est pas exhaustive, elle n'indique que quelques fonctions de PE.)
Des liens qui lancent directement Protéine Explorer et télécharge automatiquement via Internet les molécules indiquées.
(Ceci ne fonctionne que si la configuration de votre machine est complète.)

Extrait du B.O. n°7 du 31 Août 2000 - Hors Série Programme officiel de première scientifique en SVT
Notions et contenus	Activités envisageables
Du génotype au phénotype, relations avec l’environnement
La synthèse des protéines La séquence des acides aminés des protéines est imposée par l’information génétique située dans la molécule d’ADN. Un gène est défini comme une séquence de nucléotides d’un brin d’ADN déterminant sur divers gènes la séquence d’un polypeptide donné... ...La séquence des acides aminés est gouvernée par celle des nucléotides de l’ARN messager suivant un système de correspondance, le code génétique. Ce code génétique est universel et dégénéré. La traduction débute au codon d’initiation et s’arrête au codon stop.	Exploitation de logiciels sur les modèles moléculaires et structures spatiales de protéines enzymatiques et du complexe enzyme-substrat. Simulation de l’action catalytique d’une enzyme. Utilisation de logiciels relatifs à: - la synthèse des protéines, - l’exploitation d’une banque de données.

L'étude d'une molécule enzymatique et du complexe enzyme-substrat de la carboxypeptidase permet de mettre en évidence les caractéristiques de fonctionnement des enzymes. L'outil Contact du menu Afficher de l'EtudeRapide permet de faire apparaître le site actif de l'enzyme en construisant la surface de contact entre l'enzyme et son substrat, puis de moduler l'aspect de la molécule pour faire apparaître différentes caractéristiques du contact enzyme substrat.

La construction de la surface de contact peut s'effectuer pas à pas, ce qui permet de bien comprendre la signification de la représentation finale. L'aide contextuelle de Protéine Explorer (fenêtre du milieu à gauche ) guide cette représentation.

Si votre machine est correctement configurée, pour étudier les molécules, il suffit de :

Source des molécules: INRP (Bio-Géo)
Une version compressée des molécules est disponible pour téléchargement sur le site de l'INRP,
ainsi que des scripts pour la découverte des molécules.

Copier et coller l'adresse ci contre de la molécule à étudier dans la fente d'adresse URL de la page d'entrée puis cliquer sur le bouton Charger pour lancer Protéine explorer qui télécharge automatiquement la molécule indiquée.		Enzyme seule : http://www.inrp.fr/Acces/Biogeo/model3d/chimdata/scripts/cpa/cpaseul.pdb Enzyme et substrat: http://www.inrp.fr/Acces/Biogeo/model3d/chimdata/scripts/cpa/cpasub.pdb
Cliquer sur le lien ci-contre pour lancer Protéine comparator qui télécharge automatiquement les deux molécules indiquées.		Charger l'enzyme seule(cpaseul.pdb) Charger l'enzyme et son substrat (cpasub.pdb) Charger les deux molécules (cpaseul.pdb + cpasub.pdb)