T.P.1S : LA STRUCTURE DES PROTEINES

Au fur et à mesure de l’avancement de votre étude vous capturerez des images caractéristiques que vous intègrerez dans votre compte rendu en images sous Word.

I. LES PROTEINES : MOLECULES ORGANIQUES DE L’ORGANISME

Les êtres vivants sont constitués de molécules organiques, reparties en 3 principaux groupes, les glucides (sucres), les lipides (graisses) et les protides(protéines).

Repérez quelques ressemblances et différences entre les 3 catégories de molécules.

Les protéines appartiennent au groupe des protides. Ce sont des molécules dont les rôles sont variés (Ils seront étudiés dans les prochaines séances). Ce sont des molécules de grande taille ou macromolécules dont la structure est souvent complexe en liaison avec la fonction de la protéine, mais elles présentent toutes des caractéristiques communes. La séance visera à décrire les caractéristiques chimiques de ces molécules, à partir d'un exemple. Il s'agit de l'hémoglobine, qui transporte les gaz respiratoires dans le sang.

Les caractéristiques générales de la molécule

Utilisez Protein Explorer pour visualiser cette protéine, fichier HBA.pdb .

Cliquez ici pour charger cette molécule.

Puis cliquer sur exploration avancée.

Déterminez les éléments que l’on retrouve dans une protéine.(COLORER Eléments)
Pouvez vous distinguer une organisation de ces atomes ?
Quelle est la forme générale de la protéine ? (AFFICHER Sphères)

II. LA SEQUENCE DE LA PROTEINE

Cliquer sur l'icone d'information de la molécule puis sur le lien Séquence et utilisez les informations de la page pour répondre aux questions suivantes :

Combien de chaînes sont présentes dans l'hémoglobine?
De quels éléments sont constitués ces chaînes? de combien d'éléments est constitué chaque chaîne?

Observer les chaînes (COLORER Chaîne)

CHOISIR Cliqué
Cochez chaîne et choisissez une des chaînes en cliquant
AFFICHER Uniquement cette chaîne
Centrer cette chaine

Comment est organisée cette chaîne?

CHOISIR Cliqué
Cochez résidu et choisissez trois résidus en cliquant
AFFICHER Uniquement ces résidus

AFFICHER Sphères
COLORER Eléments

Ces résidus sont des acides aminés.
Ils possèdent une partie commune et une partie qui les distingue.

Déssiner les acides aminés pour faire apparaître leurs ressemblances et leur différences.

Bilan : Décrivez la structure globale de l'hémoglobine.

IV. LA DREPANOCYTOSE :

C'est une maladie liée à la présence d'une hémoglobine anormale dans les hématies (globules rouges) des malades.

Cliquer ici pour charger les deux types d'hémoglobines

Vous pouvez constater qu'il est très difficile de comparer ces deux forêts d'atomes pour comprendre les causes de cette maladie.
Une autre logiciel va nous permettre de comparer ces molécules.

Comparaison des séquences.

Lancer ANAGENE.
Choisir Fichier, Ouvrir, dans le répertoire Sauve, ouvrer le fichier drepano.edi qui renferme les séquences des deux types de protéines.

Comparer les séquences 2 à 2 (comparaison simple).

Identifier les différences entre les molécules à l'aide des commandes ci-dessus puis dans Protéine explorer faîtes apparaître ces différences
(Commande Séquences 3D).
Décrivez les différences entres les molécules.

Découvrez ici les conséquences de ces différences.