Un lien hypertexte vers Protéine Explorer (PE) qui pré-spécifie une molécule (fichier PDB) contient en fait deux URL.

1. L'URL vers PE, ou URL-PE
2. L'URL vers le fichier PDB, ou URL-PDB

Ne jamais définir une *cible pour la page à ouvrir! L'utilisationse d'une cible empêche la possiblité d'ouvrir plusieurs fenêtres de PE simultanément.
    <a href="...">format de cible correct</a>
    <a href="..." target="nom_de_fenêtre">format de cible INCORRECT</a>

*Il y a une exception : lorque l'on crée un lien vers PE 1.0 sur une serveur RCSB (ou un site miroir de la RCSB), il faut définir une cible.

Le répertoire original contenant PE sur le serveur de l'UMass a été nommé explorer et ce nom a été conservé pour évité de rompre des liens ou des signets qui l'utilise. Il est maintenant recommandé pour toute nouvelle installation de placer PE dans un répertoire nommé protexpl pour éviter toute confusion avec l'un des répertoire utilisé par Windows de Microsoft, nommé explorer. Le package téléchargeable pour PE avait été nommé explorer.exe mais un fichier de ce nom placé par inadvertance à la racine de C (C:\) empêche Windows de démarrer! C'est pourquoi le package téléchargeable de PE est dorénavent nommé protexpl.exe; le répertoire dans lequel il est décompacté devant se nommer protexpl pour éviter toute confusion.

La liste suivante résume les règles générales de formatage. Davantages de détails sont donnés plus bas pour quelques cas.

1. Lorsque la source du(es) fichier(s) PDB est la Protein Data Bank, l'URL- PDB doit être donné uniquement sous la forme du code PDB de quatre caractères. Par exemple, l' URL se terminera en /protexpl/pe.htm?id=pid1& pour l'Explorer, et en /protexpl/pe.htm?id=pid1&id2=pid2& pour le Comparator. Sil'URL-PE spécifie l'un des serveurs de la Protein Data Bank ou un site miroir, les fichiers PDB seront automatiquement recherchés sur le même site. Lorsque l'URL-PE spécifie une installation locale, ou un serveur différent de laPDB, ce type de spécification à 4 caractères permet à chaque client de définir, en tant que préférence de PE, le site miroir de la PDB préféré à partir duquel le fichiers PDB seront appelés via Internet.

2. Lorsque la source du(es) fichier(s) PDB n' est pas la Protein Data Bank, l'URL doit être donné pour chaque fichier PDB. Ainsi, le lien hypertexte sera de la forme /protexpl/pe.htm?id=url1& pour Explorer, et /protexpl/pe.htm?id=url1&id2=url2& pour le Comparator.

3. Lorsque l'URL-URL débute par http:// (oo ftp://) le deux-point (:) de l'adresse doit être remplacé par %3A et si l'URL-PDB contient un paramètre de requête, le point d'interrogation doit être remplacé par %3F. Ne remplacez pas les slashes(/) ou les signes égal (=). De plus, lorsqu'il y a plusieurs paramètres de requête, le nom du fichier PDB doit être le dernier élément à l'extrémité de l'URL-PDB. Par exemple si l'URL-PDB est
   http://pqs.ebi.ac.uk/pqs-bin/macmol-chime.pl?filename=1hho.mmol
   alors le lien hypertexte correspondant sera de la forme
   http://www.umass.edu/microbio/chime/protexpl/pe.htm?id=http%3A//pqs.ebi.ac.uk/pqs-bin/macmol-chime.pl%3Ffilename=1hho.mmol&

4. URL-PE relative doit commencé par deux points, tel que "../shared/1d66.pdb". Cela correspond à une localisation relative à la source de PE; précisement, le répertoire protexpl. Si PE est appelé depuis un serveur, l'URL relative URL désigne des fichiers sur le serveur. Si PE arrive depuis une installation sur un disque dur local, l'URL relative désigne des fichiers sur le disque dur local. Exemple: /protexpl/pe.htm?id=../shared/1d66.pdb&

5. Pour Windows uniquement: Dans les URL-PDB indiquant des fichiers sur un disque dur local, le deux-point (:) suivant la lettre correspondant au disque doit être remplacée par une barre verticale (changer C: en C|). Ceci n'est pas toujours nécessaire mais le deux-point ne fonctionne pas tpoujours pour des versions anciennes de Netscape. (Les deux-points dans http:// et file:/// doivent rester des deux-points.) Exemple: http://www.umass.edu/microbio/chime/explorer/pe.htm?id=c|/pdb_files/1b07.pdb&

6. Pour Windows uniquement: dans les références à des fichiers PDB sur un disque dur local, les antislashes (\) delimitant les nom de répertoire doivent être modifiés en slashes (/), par exemple. c:\chime\protexpl doit être noté c|/chime/protexpl. Voir l'exemple complet à la fin du paragraphe précédent.

7. Pour Macintosh uniquement: Les deux-points(:) qui délimite les noms de répertoires doivent être remplacés par des slashes (/). Par exemple, "Macintosh HD:Chime:protexpl" doit être noté "Macintosh HD/Chime/protexpl".

8. Les noms de fichiers terminant par .pdb: Les URL terminant par .pdb perturbe Netscape pour Windows lorsque l'URL fait référence à un fichier local; c'est pourquoi il faut ajouter un et commercial (&) à la fin d'une telle URL. Ainsi uneURL finisant par .pdb ne fonctionnera pas toujours alors que celle finissant par .pdb& fonctionnera.

Les codes PDB sont des codes à 4 caractères qui identifient uniquement des structures disponibles depuis la Protein Data Bank. L'identifiant de molécule à 4 caractères est compris par Protéine Explorer/Comparator (PE) comme étant un code PDB; PE permet de récupérer les fichiers PDB via Internet depuis la Protein Data Bank. Les fichiers sonten fait récupérer sur le site miroir de la PDB qui a été défini dans vos préférences pour PE au cours d'une session précédente de PE.

URL sur Serveur. Ainsi, pour pré-spécifier la molécule 1d66 et appelé l'Explorer, l'URL est le chemin suivi vers le fichier où PE est installé, plus pe.htm?id=1d66. Ainsi par exemple si vous voulez utiliser PE depuis le serveur de l'UMass, l'URL est

www.umass.edu/microbio/chime/protexpl/pe.htm?id=1d66     URL Absolue

pe.htm?id=1d66     URL Relative

Voie Locale d'accès au Fichier, Absolue. Si vous avez installé PE localement dans C:\Chime\protexpl ou Macintosh HD:Chime:protexpl, l'URL sera

file:///C|/Chime/protexpl/pe.htm?id=1d66
file:///Macintosh HD/Chime/protexpl/pe.htm?id=1d66

Voie Locale d'accès au Fichier, Relative. Les liens ci-dessus sont absolus, mais les liens peuvent également être relatifs (ce qui permet de les utiliser dans une autre arborescence). Supposons que vous ayez mis en place trois répertoire comme indiqué ci dessous

../protexpl/pe.htm?id=1d66

Appeler Protéine Comparator. Appeler le Comparator nécessite simplement que deux codes PDB soient spécifiés, ce qui pour l'exemple du serveur indiqué donnera l'adresse suivante :

../protexpl/pe.htm?id=1lck&id2=1b07
www.umass.edu/microbio/chime/protexpl/pe.htm?id=1lck&id2=1b07

Si vous avez sauvegardé des fichiers PDB sur un dique local, vous pouvez utilisez l'URL pour pré-spécifier des fchiers en particulier en appelant l'Explorer ou le Comparator. Ci-dessous n'est indiqué que le style Relatif d' URL idans les exemples, mais les styles (ou syntaxes) Voie locale d'accès aux fichiers absolue, URL sur serveur ou Absolu peuvent également être utilisés selon les recommandations plus haut.

En tant qu'exemple, supposons que vous ayez créé un répertoire dans un répertoire "Chime" nommé "PDB Files", et que vous y ayez téléchargé deux fichiers comme indiqué ci-dessous:

Voie absolue d'accès au Fichier. La voie absolue d'accès au Fichier peut être utilisée pour appeler l'Explorer ou le Comparator respectivement comme suit. Si en fait vous créé un répertoire "PDB Files" (voir "Arborescence Partie II" ci-dessus) et y téléchargez 1lck et 1b07 depuis la PDB, les liens ci dessous fonctionneront soit depuis votre installetion locale de PE, soit lorsque PE est fourni par n'importe quel serveur (fourni signifie placé dans un répertoire nommé protexpl).

../protexpl/pe.htm?id=c|/Chime/PDB Files/1lck.pdb&
../protexpl/pe.htm?id=c|/Chime/PDB Files/1lck.pdb&id2=c|/Chime/PDB Files/1b07.pdb&
../protexpl/pe.htm?id=Macintosh HD/Chime/PDB Files/1lck.pdb&
../protexpl/pe.htm?id=Macintosh HD/Chime/PDB Files/1lck.pdb&id=Macintosh HD/Chime/PDB Files/1b07.pdb&

Voie relative d'accès au Fichier. Utilisant l'arborescence indiquée dans les exemples ci-dessus, les voies relatives d'accès aux fichiers peuvent être utilisées sur votre fichier /Chime/PDBLinks/PDBLinks.htm comme suit. Ou si, pour faire un test, vous copiez ce fichier (query_pe.htm) dans un répertoire Chime/PDBLinks et l'ouvrez dans Netscape, et que les fichiers PDB sont présents dans un répertoire parallèle Chime/PDB Files, et que vous avez installé une copie locale de PE dans des répertoires Chime/protexpl et Chime/shared, les liens ci-dessous devraient fonctionner. (En d'autres termes, ils fonctionneront si vous avez créé l'arborescence complète, Parties I plus II c-dessus, et que vous avez complété de manière appropriée chaque répertoire de l'arborescence.)

../protexpl/pe.htm?id=../PDB Files/1lck.pdb&
../protexpl/pe.htm?id=../PDB Files/1lck.pdb&id2=../PDB Files/1b07.pdb&

pe.htm/?id=.../pdb_files/1cmk1atp.pdb