La molécule 1B07 montre ci-dessous, la séquence de régulation d'un peptide d'une longueur de 10 acides aminés liée au domaine SH3. Pour créer cette surface de contact surfaceil n'est nécessaire que d'identifier les chaînes jouant le rôle de "récepteur" et de "ligand" (en cliquant avec la souris et en notant leur identification dans la fenêtre des messages) puis d'entrer leur identification dans les fentes (":a" et ":b"). Enfin, presser le bouton [Créer] qui génére l'image ci-dessous. Dans l'Explorer, l' image peut être zoomée et mise ne rotation.
Les zones Magenta indiquent les contacts les plus proches, et correspondent en général à des liaisons hydrogènes. Les zones blanches ou grises claires correspondent à une distance légèrement supérieures, elles peuvent correspondrent à des interactions hydrophobes. Les zones les plus sombres sont trop éloignées pour permettre un contact entre le "récepteur" et le "ligand".